- Tahfidz
- Tahsin Tilawah
Program tahsin tilawah merupakan program wajib bagi santri baru sebelum mendapat izin menghafal. Program ini maksimal dilaksanakan selama satu tahun. Santri yang dianggap sudah lanyak bacaan al-Qur’annya akan di tes oleh tim yang ditunjuk Ma’had Baitul Qur’an Madura. Ujian akan dilaksanakan apabila sudah ada rekomendasi oleh musrif/musrifah tahsin. Kelulusan tes sepenuhnya diserahkan kepada tim penguji.
- Program 30 juz
Program ini diperuntukkan bagi santri yang memiliki kemampuan hafalan di atas rata-rata. santri yang sudah menyelesaikan program tahsin tilawah akan dites untuk menetukan program. Bagi santri yang dianggap memiliki kemauan menghafal 30 juz, direkomendasikan untuk mengambil program tahfidz 30 juz. Untuk penentuan target harian, mingguan, bulanan dan target smester dilakukan dengan musyawaroh antara musrif dan santri yang bersangkutan. Santri dapat menentukan sendiri berapa tahun akan menyelesaikan hafalannya dan waktu tasmi’ 30 juz sekali duduk.
- Reguler (12-15 juz)
Program ini diperuntukkan bagi santri yang tidak lolos tes untuk mengikuti program tahfidz 30 juz. Sama halnya dengan program tahfidz 30 juz. Pada program reguler santri dapat menentukan sendiri taget hafalan baik harian, mingguan, bulanan ataupun target smester yang dimusyawarohkan bersama musrif/musrifah yang membedakan adalah jumlah juz yang harus diselesaiakn santri selama menjadi santri di Ma’had Baitul Qur’an Madura. Tes kelulusan program ini adalah dengan membaca 12 juz sekali duduk.
- Tes per-juz
Untuk memastikan hafalan santri sesui dengan standart Ma’had, maka setiap santri akan melanjutkan ke juz berikutya diwajibkan untuk mengikuti tes per-juz. Tes per-juz dilaksanakan setelah santri menyelesaikan proses hafalan kepada musrif serta mendapat rekomendasi untuk mengikuti tes per-juz kepada ketua tim tahfidz Ma’had Baitul Qur’an Madura.
- Tasmi’ bersama wali santri
Tasmi’ bersama wali merupakan bagian dari langkah Mahad Baitul Qur’an Madura untuk melibatkan wali santri dalam proses evaluasi hafalan putra-putrinya. Selain itu, program ini bertujuan untuk membiasakan wali santri menyimak hafalan putra-putrinya, sehingga diharapakan akan berlanjut baik saat santri ada dirumah (liburan) maupun setelah santri lulus dari Ma’had Baitul Qur’an Madura.
- Tasmi’ kelipatan
Tasmi’ kelipatan dilakukan setelah santri menyelesaikan hafalan lima juz dan berlaku kelipatan. Tasmi’ kelipan dilaksankan secara online melalui media sosial Ma’had Baitul Quran Madura. Program ini diharapkan menjadi wadah bagi semua pihak untuk memberikan masukan baik secara langsung maupun tidak terhadap hafalan santri.
- Tasmi’ 30 juz dan 12 juz
Tasmi’ 30 juz dan 12 juz sekali duduk menjadi syarat kelulusan santri Ma’had Baitul Qur’an Madura. khusus santri putra pelaksanaan Tasmi’ 30 juz dan 12 juz dilaksankan dibeberapa masjid yang ditunjuk oleh Ma’had Baitul Qur’an Madura.
2. Nubdatul Bayan
Metode baca kitab kuning Nubdzatul Bayan terdiri dari 5 jilid (kelas II-III) yang berisi beberapa kandungan nahwu dan sharraf serta Qoidah I’lal yang diambil dari kitab-kitab mu’tabaaroh seperti Alfiyah Ibnu Malik dan Nadhom Imrithi tanpa adan perubahan dari kitab asalnya, akan tetapi langkah yang dilakukan adalah dengan meringkas untuk menyesuaikan dengan kemampuan peserta didik. Dengan tujuan agar mudah difahami dan dimenegri oleh peserta didik. Penekanan kitab Nubdzatul Bayan adalah pada ilmu alat (Nahw sharf). Untuk memudahkan proses pembelajaran maka dibuatkan sistem modul yang harus dipelajari secara bertahap mulai dari Jilid I s/d Jilid V, adapun syarat ketuntasan tiap jilidnya dilakukan dengan tes tulis dan tes lisan (tes lisan dilakukan melalui zoom meting bersama wali santri). Santri yang tidak lulus dalam tes tulis atau tes lisan diwajibkan untuk mengulangi jilid sebelumnya. Setelah santri menyelesaikan jilid I sampai jilid V, dilanjutkan kejenjang berikutnya yakni taklimah. Terdapat dua kitab yang harus dikuasai santri yakni: Amsilatut Tasrifiyah, dengan tujuan mereka bisa memahami secara lengkap tentang ma’na dari masing-masing wazan, materi ajar yang kedua adalah I’lal.
3. Bahasa Arab
Pembelajaran bahasa Arab dibagi dalam tiga kategori. Pertama, tahap pengenalan mufrodat dan ungkapan sehari-sehari. Kedua, hiwar yang menekankan pada kemapuan santri dalam menggunakan bahasa arab dalam praktek harian. Ketiga, Mahartaul kalam, santri dibiasakan untuk mempersentasikan materi yang ditentukan oleh asatidz dengan bahasa Arab atau berkhutbah dengan menggunakan bahasa Arab. Selain itu santri dikenalkan dengan cara berkomunikasi langsung dengan syeikh yang berasal dari tmur tengah atau melalui video-video.
4. Kepemimpinan
Penanaman karakter kepemimpinan dilakukan dengan tiga pendekatan, pertama, terintegrasi dalam pembelajaran dengan menggunakan beberapa kitab rujukan seperti; Adab Sopan Santun, hadist pendek tentang akhlak, taklimul mutaallim, hilyah tolibul ilmi dan Tarbiyatus Sibyan. Kedua, melalui pembiasaan harian santri baik yang berbentuk program seperti muhadhoroh ataupun yang pembiasaan harian yang tercantum dalam catatan mutabaah harian santri. Ketiga, dengan mengenalkan bahasa halus sesuai dengan daerah asal santri utamanya santri yang berasal dari Madura.

